Здравствуйте, Александр.
Wave - контейнер для хранения записи оцифрованного аудио потока Без сжатия.
Flac - это формат предназначенный для Сжатия аудио данных без потерь.
Алгоритм сжатия можете прочитать здесь
Разница в звуке будет, и будет значительная, только wave - это исходный материал, студийный формат, крайне редко встречается.
Плеер не кодирует из flac в wave. Если "убитую" мп3 запись поместить в контейнер flac или Wave или какой-либо другой, результат не изменится.